九州地方は、日本の地域の中では小笠原諸島に次いで温暖な地域である。奄美諸島以南の地域と、トカラ列島以北の地域では気候が大きく違う。
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トカラ列島以北の地域は、夏は暖かく降水量が多く、冬は寒く降水量が少ない、という気候が見られる。域内の南北で大きな気温の差は1?2℃ほどと少ししかない。ただし、阿蘇山・祖母山などの山頂や九州山地の高地（熊本県阿蘇地方・大分県西部・宮崎県北部山間部）では気温は低く、真冬日が続き積雪も多い。特に、山頂では稀に-20℃程度の極寒になることがあり路面凍結などが多発する。しかし、中国地方以東とは異なり豪雪地帯は存在せず、積雪は比較的少ない方である。
南部の太平洋沿岸に当たる宮崎県・鹿児島県は、夏に降水量が多い太平洋側気候で、台風の襲来も多く、鹿児島県は1951年以降の台風上陸数が日本一である。夏から秋にかけて台風の影響を受けるため「台風銀座」と呼ばれる。冬の気候も温暖で降雪も少なく、晴天の日が多い。
中西部の有明海沿岸や北東部の瀬戸内海沿岸（大分県・福岡県旧豊前国）は瀬戸内海式気候で、一年中降水量が少ない（大分市の年間降水量：約1,680mm）。